Com foco nas mulheres de Ilha Grande, guiado pelo samba de coco e pela produção artesanal de queijadas, o filme explora as mudanças trazidas pela chegada da tecnologia, que alterou as práticas tradicionais de pesca e agricultura de subsistência. Em uma narrativa sensível, Raízes da Ilha revela as transformações sociais e culturais de uma comunidade que resiste, preservando suas tradições e modos de vida.