O Dr. Estranho Mafune foi rejeitado por muitos anos pela comunidade científica por causa de suas teorias sobre um monstro que vive no fundo do mar. Uma raça alienígena o obrigou a utilizar os seus conhecimentos para levar um Mechagodzilla reconstruído. Mas no caminho da destruição Godzilla aparece em Tóquio, começando uma luta implacável entre os monstros.