Ao contrário dos três filmes anteriores, Pure foca no relacionamento entre Misu Arata e Shingyouji Kanemitsu, que começa quando Shingyouji faz o teste para ingressar na Shidou Gakuen. É então que ele conhece Misu e se apaixona por ele. Então, voltamos ao presente, onde o senpai que admira Misu aparece, trazendo problemas e ciúmes para Shingyouji.