Apesar das advertências de seu pai adotivo de que a garota encontrada nos escombros de uma cidade destruída é perigosa demais para ser considerada algo além de uma ferramenta ou arma, Shirou Emiya passa a tratar Miyu como uma irmã mais nova. Mas quando Shirou baixa a guarda e Miyu começa a frequentar uma escola normal, a família Ainsworth e seus agentes entram em ação, sequestrando a garota com o objetivo de sacrificá-la! Diante da constatação de que a capacidade de Miyu de fazer o bem sempre será igualada por sua capacidade de destruição, Shirou deve tentar resgatar sua irmã adotiva e decidir como enfrentar a ameaça que seus poderes sempre representarão.