Um novo inimigo aparece: O Império da Nebulosa Negra. A história inicia no final do ano de 2201 e Desslar vê o seu planeta natal Gamilas, destruído pelos alienígenas de pele cinzenta, e os dois planetas gêmeos Iscandar próximos a linha de invasão. Desslar se alia interessadamente com o Yamato, que se encontra em uma missão de treinamento com o seu novo capitão estreante, Kodai.