Há sete anos, ainda criança, Anemone perdeu o pai, quando ele fez parte de uma operação para tentar conter "Eureka 7", um grande fenômeno que matou bilhões de pessoas e continuava a se expandir, e que é imune a tudo exceto a própria consciência humana. O concierge de IA Dominic e um hamster de pelúcia chamado Gulliver, além de breves lembranças e um grande arrependimento, são o que Anemone guarda de seu pai, cuja morte não conseguiu impedir o avanço do fenômeno. Agora, a adolescente é parte fundamental de uma estratégia da unidade experimental "ASSID", e seu profundo mergulho em Eureka 7, e seu encontro com os mistérios ali dentro, podem ser a última esperança da humanidade.