No ano de 2201, um ano após o Yamato ter salvo a Terra da contaminação radioativa, uma nova ameaça surge. O Yamato faz sua jornada final para salvar a Terra dessa nova ameaça. A Terra quase se recuperou da batalha contra Gamilus e a reconstrução se expandiu para os outros planetas. Quando ex-companheiros de tripulação de Yamato descobrem uma mensagem estranha e truncada que parece vir de um cometa branco vindo em direção à Terra. Eles sequestram sua antiga fortaleza espacial e começam uma nova batalha.