Quatorze anos se passaram desde o Terceiro Impacto. Shinji Ikari é resgatado da Unidade 01 e descobre que as coisas mudaram, mas não para melhor: O mundo foi devastado, seus antigos aliados da NERV tornaram-se hostis em relação a ele e Rei Ayanami, a menina que ele arriscou tudo para salvar, está longe de ser encontrada. Enquanto ele tenta se adaptar a esse estranho e novo mundo, Shinji faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa. Juntos na busca de Rei, os dois aprendem as terríveis verdades por trás dos Anjos, da NERV e dos Evangelions. Mas um raio de esperança permanece para os dois garotos: Uma oportunidade única para desfazer os erros do passado. Agora, os restos da humanidade estão atrás deles, os Anjos se apressam para detê-los e seus velhos amigos os declararam inimigos públicos número um. Apenas com Kaworu para apoiá-lo e todo o mundo contra ele, Shinji agora deve lutar por sua única chance de redenção. Mas isso pode significar terminar o que ele começou: O fim do mundo!