Quatorze anos após o Terceiro Impacto, Shinji Ikari acorda em um mundo do qual não se lembra. Ele não envelheceu. Grande parte da Terra está em ruínas, a Nerv foi extinta e as pessoas que ele antes protegia agora o rejeitam. Ao fazer amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, Shinji retoma a luta contra os anjos e percebe que a batalha está longe de terminar, mesmo que isso signifique lutar contra seus antigos aliados. As lutas dos personagens continuam em meio às batalhas contra os anjos e entre si, levando a um inevitável fim do mundo.