No século XVII, um navio holandês navega pelo Pacífico desde as Américas para escapar dos espanhóis. O piloto-major John Blackthorne é o piloto do navio e o primeiro a perceber as possibilidades do Japão. O Japão é uma sociedade feudal com forte presença portuguesa. Está em fase final uma luta para decidir quem será o Shogun, o líder que, sob o comando do Imperador, governa o país. Lorde Yoshi Toranaga vê em Blackthorn coisas que ele pode usar para pelo menos sobreviver à luta que está por vir e, se ambos jogarem corretamente, tornar-se Shogun.