Alguns meses após os eventos de Saber Marionette J Again, Otaru e suas inseparáveis marionetes, Lime, Cherry e Bloodberry, tentam viver em paz, mas logo se veem envolvidos em novas intrigas. Com o reaparecimento de Faust e de suas marionetes, além das conspirações do misterioso Dr. Hess, o grupo embarca em uma jornada que os leva até Xi’an e revela segredos sobre a própria origem da Terra II. Mais dramática que suas antecessoras, esta fase da saga explora profundamente os sentimentos das marionetes, especialmente o desejo de Lime de se tornar verdadeiramente humana.