Onegai Twins é uma pseudo-sequência de Onegai Teacher; alguns elementos do "'Teacher" aparecem em "Twins", mas são mais pano-de-fundo e referências que não chegam a interferir na história. O gancho principal é a aparição do UFO - uma imagem do local aparece na tv e imediatamente causa lembranças em três pessoas, três jovens que possuem em comum: uma foto da infância, onde aparecem duas crianças e a mesma casa e o mesmo lugar que eles viram na reportagem da tv, e os olhos azuis... Karen, Miina e Maiku se encontram na casa da foto e agora se perguntam: quem é irmão de quem? Apenas duas crianças aparecem na foto, uma menina e um menino... Maiku e ... qual das duas? Miina ou Karen? Quem é a irmã e quem é a estranha? Enquanto permeiam dúvidas, eles vão vivendo na casa que evoca nostalgia e conforto...