Uma nova aventura está começando dentro do vasto mundo do Pokémon! Chegando na Academia Índigo, uma garotinha chamada Liko recebe seu primeiro parceiro Pokémon, Sprigatito. Mas ela logo se vê perseguida pelos exploradores, um grupo misterioso que está determinado a levar o colar de pingente que ela usa. No entanto, Liko não está sozinha, pois Friede, o Capitão Pikachu e os outros oferecem proteção a ela a bordo de seu dirigível. Enquanto isso, um jovem garoto chamado Roy sonha em se tornar um treinador de Pokémon, sem saber do segredo escondido dentro da antiga bola que ele carrega. Liko, Roy e seus novos amigos navegam para novos horizontes, que tipo de descobertas os aguardam?