Em 2018 a Terra é um lugar diferente. A humanidade está colonizando e explorando os recursos dos oceanos e as primeiras fazendas, minas e comunidades industriais estão sendo instaladas. Mesmo com o potencial das novas descobertas, os velhos conflitos e disputas voltam à tona e a Organização Mundial dos Oceanos Unidos, contrata a SeaQuest, sob a liderança do Capitão Nathan Bridger, para manter a paz submarina e patrulhar a última fronteira do planeta. A equipe do submarino conta com o jovem gênio Lucas e Darwin, um golfinho inteligente, que graças a uma invenção de Lucas, consegue se comunicar com os homens.