A história tem início com o sumiço do Dr. Oki, genial cientista criador do moderno submarino Super 99. Seu filho Susumu desconfia que por trás deste sumiço há um plano maligno de um grupo desconhecido. Para salvar seu pai, ele tem certeza de que precisará revelar armamento, funções e capacidade do Super 99 para a sociedade secreta Partido Yelmo e evitar sua conspiração. Seus amigos e a Marinha o ajudam na busca submarina, que revelará quantos perigos esta tarefa reserva para Susumo.