As histórias do Sítio do Picapau Amarelo se passam no tranquilo sítio de Dona Benta, uma senhora carinhosa que vive longe do agito da cidade. Ao seu lado está Tia Nastácia, que prepara quitutes deliciosos para ela e sua neta Lúcia, a sonhadora Narizinho (Lara Rodrigues). Com sua boneca falante Emília (Isabelle Drummond), Narizinho vive em um mundo de fantasia. Durante as férias, recebe a visita do primo Pedrinho (César Cardadeiro), vindo da cidade grande. Juntos, exploram o sítio e vivem aventuras mágicas. Pedrinho tem como parceiro o sábio Visconde de Sabugosa (Cândido Damm), feito de uma espiga de milho por Tia Nastácia. Outros moradores do sítio incluem o travesso Saci Pererê (Izak Dahora) e a temida Cuca (Jacira Santos). A nova versão da série trouxe como novidade a interpretação da Emília por uma criança — algo inédito nas adaptações anteriores, que contaram com atrizes como Lúcia Lambertini e Dirce Migliaccio.

Em setembro de 2002, o Sítio ganhou uma nova fase após exibir, por mais de um mês, a série especial *Memórias do Picapau Amarelo*. Inspirado na obra de Monteiro Lobato, os episódios inéditos foram escritos por Walcyr Carrasco, com colaboração de Mário Teixeira e Thelma Guedes. A direção ficou por conta de Cininha de Paula e Paulo Ghelli. O formato também mudou: as histórias passaram a durar cerca de um mês, em vez de cinco capítulos semanais. O horário de exibição foi alterado para as 10h10 da manhã. Essa nova fase contou com a chegada de novos atores, como Antonio Calloni, Elizabeth Savala, Henrique Ramiro e Zezé Polessa. O programa também passou a receber diversos convidados especiais, entre eles Ney Latorraca, Lilia Cabral, Rodrigo Faro, Samara Felippo e o humorista Bussunda, que interpretou o gênio da lâmpada. Alguns dos episódios exibidos nesse período foram *Doze Trabalhos de Hércules*, *O Fantasma do Picapau Amarelo* e *As Caçadas do Barão de Munchausen*.