No ano de 2552, os humanos do planeta Madrigal lutaram pela independência da Terra, mas um encontro fatal com o Alien Covenant complica as coisas. Master Chief John 117 e seu super soldado "Spartans" se juntam à luta. Após a batalha, Master Chief segue para seu planeta natal, Reach, com um sobrevivente de Madrigal e um objeto misterioso que ele descobriu no planeta. Mas uma ordem controversa faz John questionar sua missão e a si mesmo.

Na segunda temporada, Master Chief John-117 lidera sua equipe de espartanos de elite contra a ameaça alienígena conhecida como Covenant. Após um acontecimento chocante num planeta desolado, John não consegue afastar a sensação de que a sua guerra está prestes a mudar e arrisca tudo para provar o que ninguém mais acreditará: que o Covenant está a preparar-se para atacar a maior fortaleza da humanidade. Com a galáxia à beira do precipício, John embarca em uma jornada para encontrar a chave para a salvação da humanidade, ou sua extinção: o Halo.