Os Vingadores precisam combater uma equipe formada pelos vilões mais perigosos do planeta, A Cabala, um grupo que se reuniu sob a liderança do Caveira Vermelha! Liderados pelo Homem de Ferro, os heróis treinam e vivem juntos em sua nova sede, na Torre dos Vingadores. Não importa se eles estão impedindo o Dr. Destino de conquistar Asgard, Attuma de levar o Exército da Atlântida até Nova York ou o Drácula de liberar hordas de vampiros, os Vingadores devem trabalhar juntos para ter sucesso.

A primeira metade da temporada a equipe lida de frente com Thanos, com ele a caça das Joias do infinito. A segunda metade detalha o retorno de Ultron e seus planos para exterminar a raça humana. Há também uma subtrama detalhando a chegada do Esquadrão Supremo. Os dois últimos episódios detalham a fuga de Thanos pela Ordem Negra e seu ataque à Terra.

Ultron retorna após seu aparente desaparecimento e busca vingança contra os Vingadores. Os Vingadores devem derrotá-lo, assim como novas ameaças, como os Mestres do Terror, do Barão Zemo e Kang, o Conquistador. Visão, Pantera Negra, Capitã Marvel e Ms. Marvel também aparecerão nesta temporada. O enredo é esperado para configurar uma adaptação de Guerra Civil.[1] A terceira temporada estreou na Disney XD em 13 de março de 2016.

Esta temporada lida com os Vingadores espalhados pelo tempo e pelo espaço por uma nova encarnação da Cabal, enquanto o Pantera Negra monta outra encarnação dos Vingadores para encontrá-los a tempo de salvar o universo.

A nova temporada se passa logo após dos eventos da temporada anterior, Guerras Secretas, com a entrada do Pantera Negra, ele deve decidir suas prioridades. Ser um Vingador primeiro, ou Rei de Wakanda? Tudo isso enquanto o misterioso Conselho das Sombras pretende desafiar Wakanda. T’Challa e sua irmã Shuri saem em missões que nenhum outro vingador consegue.