Soul Eater Not! é uma história paralela à série principal, se concentrando na alabarda novata chamada Harudori Tsugumi, que vira amiga de duas Mestras, Tatane Meme e Anya Hepburn. As três são parte da classe NOT (Normally Overcome Target - Alvos Normalmente Subjugados), na Shibusen e aprendem a controlar seus poderes para superar suas dificuldades e ter uma vida normal, conforme são obrigadas a lutar com a classe EAT (Especially Advanced Talent - Talentos Especialmente Avançados) de Maka, Soul e seus amigos.