A História gira em torno dos Vingadores: Homem de Ferro, Capitão América, Thor, Hulk e Vespa, juntos com a ajuda do Homem-Aranha e um grupo de jovens vão aproveitar suas respectivas habilidades de luta e poderes sobre-humanos para frustrar os esquemas de Loki para dominar o mundo. No anime será mostrado que com a criação de um dispositivo chamado “Discos”, está sendo possível capturar vilões para dentro deste dispositivo. Porem após as maquinações de Loki, tanto heróis como vilões foram capturados dentro dos Discos e espalhados pelo mundo. No meio do caos, cinco jovens recebem o poder de restaurar os heróis com o programa “Biocode” e recebem do Homem-Aranha cinco discos que ele conseguiu recuperar. Agora os jovens podem restaurar Iron-Man, Capitão America, Thor, Hulk e Vespa.