Sōzō Haran era um cientista brilhante que estava conduzindo pesquisas em Marte. Ele criou uma forma de vida ciborgue com a capacidade de pensar por si mesma. Esses ciborgues, apelidados de Meganoids (メガノイド Meganoido?), logo ficaram fora de controle e mataram o Dr. Haran junto com toda a sua família, exceto seu filho mais novo, Banjō Haran, de 16 anos. Banjō escapa de Marte em um foguete com um super robô movido a energia solar chamado Daitarn 3, que foi construído com os metais especiais de Marte. Agora com 18 anos e vivendo na Terra em uma luxuosa mansão, Banjō luta contra os meganóides e seu líder, Don Zauser e seu segundo em comando Koros, com a ajuda de seu fiel mordomo Garrison, seus dois lindos companheiros, Reika e Beauty, e um menino órfão chamado Topo. Juntos, eles devem parar os meganóides do mal que aspiram transformar todos os humanos em ciborgues.