A história gira em torno de uma colegial chamada Fujioka Haruhi, uma garota de classe baixa que consegue uma bolsa de estudos na Academia Ouran, um colégio de altíssima classe. Ao se deparar com um grupo de estudantes que têm seu próprio clube de anfitriões, Haruhi, acidentalmente quebra um vaso antigo e acaba tendo que trabalhar no clube para pagar sua dívida. No entanto, ela precisa fingir ser um menino. Será que esconder sua identidade será tão fácil quanto ela pensa ser?