A história se passa em um mundo onde 90% da população desapareceu por conta de uma invasão alienígena. Os poucos sobreviventes vivem em abrigos subterrâneos, tendo suas memórias apagadas sobre a invasão e sendo monitorados o tempo todo. O enredo acompanha três jovens que são escolhidos para pilotarem robôs gigantes, que quando unidos ganham a forma do lendário Musashi.