A humanidade viajou para as estrelas e encontrou várias civilizações alienígenas, já mortas há muito tempo. Ao descobrir os vestígios arqueológicos de tal civilização no planeta Solo, a humanidade finalmente tem seu primeiro encontro com uma espécie alienígena viva: o Buff Clan. Quando Karala Ajiba, filha do líder militar do Clã Buff, põe os pés na superfície de Solo, o Clã Buff lança um ataque brutal à colônia para recuperá-la. Para escapar, Cosmo Yuki, Kasha Imhof e Bes Jordan sobem a bordo de três caminhões, que logo se transformam no gigante robô humanóide Ideon. Quando o assentamento em Solo é destruído, os sobreviventes embarcam em uma nave espacial recentemente descoberta – a Nave Solo – e fogem, tentando fugir dos alienígenas e finalmente encontrar a paz. O implacável Buff Clan, no entanto, ainda está em sua perseguição e não desistirá tão facilmente.